El 15 de diciembre de 1994 la comisión designada por el Consejo divisional de la División de Estudios de Estado y sociedad recomendó la formación de un Programa de Estudios Europeos como un espacio institucional que fuera madurando hasta constituirse en un Centro de Estudios, lo que ocurrió en diciembre de 2006. Desde entonces el Centro de Estudios Europeos se ha ido consolidando, las líneas de investigación se han redefinido, existe un mayor número de investigadores, cuenta con personal administrativo y ocupa ya sus propias instalaciones.