El programa de Doctorado en Geografía y Ordenación Territorial cuenta con cinco ejes temáticos o Líneas de Generación y/o Aplicación del Conocimiento, siendo estas las siguientes:

1. Paisaje y Sociedad.

2. Ambientes Urbanos.

3. Riesgos y su Percepción.

4. Desarrollo Local.

5. Tecnologías de la información geográfica y el análisis espacial (transversal).

El grado que se confiere al termino del Plan de Estudios es el de Doctor en Geografía y Ordenación Territorial.