Las líneas de investigación del Doctorado en Ciencia Política, registradas ante la Secretaría de Ciencias, Humanidades y Tecnología (SECIHTI) como Líneas de Investigación e Incidencia Social (LIES), se encuentran relacionadas con  la actividad académica del cuerpo docente y estudiantado del programa académico. Actualmente son: 

• Instituciones, Comportamiento y Comunicación Política

• Política Internacional, Geopolítica y Seguridad

• Cultura Política, Sociedad Civil, Ciudadanía y Movimientos Sociales

• Gobierno y Políticas Públicas