La propuesta de creación de la Maestría en Historia de México se presentó en 1997, como resultado del trabajo colectivo de profesores adscritos al Departamento de Historia de la División de Estudios Históricos y Humanos, del Centro Universitario de Ciencias Sociales y Humanidades de la Universidad de Guadalajara. Al año siguiente, el 3 de agosto, el Programa fue aprobado por el Consejo General Universitario de la Universidad de Guadalajara. Posteriormente, se publicó la primera Convocatoria Generación 1999-2001 y se inició el proceso de selección. Desde el 2002 se han otorgado becas con el apoyo del CONACYT, elemento que ha contribuido a la eficiencia terminal en la maestría. Al momento, han egresado 11 generaciones y está en proceso de formación la décimo segunda.

La Maestría en Historia de México es un posgrado que tiene como finalidad formar sólidamente al estudiante en el campo de conocimiento disciplinar y la investigación histórica de una forma crítica, original y creativa. Así que se orienta a los estudiantes en historiografías, teorías, metodologías y análisis empíricos necesarios para cubrir las demandas en investigación en el ámbito de la historia del país. Su formación los hace capaces de desempeñarse en diversos ámbitos especializados en Historia. De igual modo, desarrollan sus competencias en la divulgación, difusión, transmisión y comunicación del conocimiento disciplinar, el histórico sobre México en general y del que producen en específico para sus tesis. Sin soslayar que son competentes en la investigación documental especializada en archivos y bibliotecas. Son capaces de producir conocimiento sobre el pasado en los ámbitos cotidiano, local, regional, nacional y en conexión con los procesos internacionales.