Existe congruencia entre los objetivos del programa y las Líneas de Investigación consideradas como ejes articuladores del programa. Uno de los criterios que sigue la Junta Académica del programa al asignar las clases, las tutorías y direcciones de tesis, es ponderar la relación entre estas líneas y los perfiles de los profesores. Mediante la observación de esta consistencia temática se busca que el trabajo en el aula y en las tesis individuales se ajuste tanto a los perfiles de egreso como a los objetivos del programa. En el plano de la docencia, los profesores que imparten cursos en el posgrado traen al aula la experiencia brindada por sus líneas de investigación en cuanto a una amplia revisión de la literatura reciente. 

Las líneas de investigación de la maestría son cuatro y en ellas se han integrado profesores y estudiantes según sus investigaciones y producciones. Las especialidades de los académicos en las líneas de investigación histórica fortalecen los espacios curriculares del posgrado. Las líneas son:

1. Historia social y cultural

Análisis de enfoques teóricos-metodológicos que den cuenta de las expresiones sociales y culturales propias de diferentes marcos temporales. Se abordan las explicaciones históricas sobre la participación de los distintos grupos que convergen en la construcción de las sociedades antiguas, modernas y contemporáneas. Con las siguientes áreas temáticas: demografía y sociedad siglos en los siglos XVIII-XIX, familia y mestizaje en Nueva España/México en los s. XVIII y XIX, exploración y poblamiento en el imperio español, órdenes religiosas en el occidente novohispano, criminalidad y vida cotidiana, instituciones carcelarias, instituciones de beneficencia en el occidente s. XVIII-XIX, epidemias y sanidad en el occidente de México. 

1. Historia política y económica

Estudio de las relaciones entre los individuos y su acción política, en el sentido de la participación de los sujetos particulares en la construcción de terrenos comunes de sociabilidad de discusión y expresión de ideas. Se analizan también las actividades y relaciones económicas y su impacto en las formas de organización de las sociedades modernas. Con las siguientes áreas temáticas: historia económica regional en s. XIX y XX, aparato burocrático novohispano y legislación, política y religión siglos XIX y XX, movimientos sociales y políticos en el México contemporáneo, historia agraria s- XVIII y XIX.

1. Ciencia y arte en las sociedades modernas y contemporáneas

Interpretación de las formas en que los conocimientos científicos y las expresiones artísticas se han transformado y adaptado en el contexto del tránsito de las sociedades preindustriales a las formas modernas de producción, circulación de bienes y servicios, y crecientes formas de explotación de recursos, con el consecuente impacto sobre las nuevas demandas, retos y responsabilidades que las sociedades en vías de industrialización tuvieron frente así. Con las siguientes áreas temáticas: ciencia, tecnología y sociedad en México siglos XIX y XX, exposiciones, grupos científicos e industrialización en México, historia del cine en México, del arte en México, del pasado reciente, memoria e historia oral.

1. Sociedades contemporáneas en perspectiva comparada

Explicación de las particularidades y los procesos comunes en el desarrollo histórico nacional y de las regiones de México, con el objeto de identificar los problemas que han supuesto sus procesos de integración o disgregación, y con el afán de reflexionar sobre las áreas de oportunidad para la consolidación del Estado Nación, enclaves étnicos o referentes identitarios particulares. Con las siguientes áreas temáticas: historia de las migraciones en México durante el s. XX, vanguardias artísticas de principios del siglo XX, redes sociales, políticas y económicas, memorias de la revolución mexicana y patrimonio cultural.